João Carlos Perdigão é natural do concelho de Torres Vedras. Aluno da Escola de Música Luís António Maldonado Rodrigues frequentou o curso básico de Canto Gregoriano e o curso secundário de Formação Musical. Concluiu a licenciatura em Música, variante Direção Coral e Formação Musical, na Escola Superior de Música de Lisboa. É pós-graduado em Musicoterapia pela ESNECA School. É mestrando em Formação Musical e Música de Conjunto na Escola Superior de Artes Aplicadas de Castelo Branco. Frequenta, também, o mestrado em Direção Coral na Escola Superior de Música de Lisboa.
Dedica-se pontualmente à escrita musical tendo já composto algumas obras para coro misto, coro masculino e coro com ensemble instrumental. É autor da coleção Sebentas de Formação Musical, publicada em 2020, Ditados de Formação Musical com publicações em 2021 e 2022 e, Ditados de Formação Musical - Excertos Orquestrais publicado em 2023. Estes projetos que idealizou e criou tiveram como objetivo dar resposta às necessidades sentidas no ensino da disciplina de Formação Musical.
Lecionou no Conservatório de Música da Física de Torres Vedras entre 2008 e 2023. É docente das disciplinas de Formação Musical e Classe de Conjunto – Coro na Academia de Música de Óbidos.
Como Diretor Coral tem colaborado com inúmeros agrupamentos em diversos projetos. Em 2008, fundou o Coro da Capela Dona Maria II. É membro fundador do Coral VERITAS. Formou o Coro Masculino Vetera Vox em maio de 2016 e desde então assume a sua direção artística. É maestro titular do Coro ESSA – Escola Salesiana do Estoril e do Coro Stella Matutina da Sé Catedral de Évora. Colabora regularmente com o Coro Voces Splendentes e Coro ECCE. É membro e diretor artístico da Capella Vocale Magnificat desde o início da sua formação.